Chính Innôcentê III đã đưa quyền Giáo hoàng lên đến đỉnh cao khi Giáo hoàng trở thành trọng tài của các quốc gia. Innôcente III đã tỏ ra một nghị lực không hề mỏi mệt. Ông đã xoay xở để mọi nhà cầm quyền thế tục phải phục tùng Giáo hội qua sự thuyết phục hoặc sử dụng vạ tuyệt thông hay khai trừ.

• Tại Đức, Ông giải quyết các vụ xung đột tranh ngôi hoàng đế; năm 1200 Innôcentê III tuyên bố ủng hộ Otton de Brunswick (Otton IV) khiến ông này được lên ngôi (1198-1212) và được chính ông làm lễ tấn phong vào năm 1209. Rồi khi xung đột quay trở lại thì ông làm lễ phế truất Otton và thừa nhận Frédéric de Sicile (Frederic II).
• Tại Pháp, vua Philippe Auguste kiên quyết chống lại tham vọng của Tòa thánh, nhưng trong cuộc "thập tự chinh Albigeois" thứ nhất, Giáo hoàng đã đạt được việc phế truất bá tước Raimond de Toulouse và thay ông này bằng Simon de Montfort, một lãnh chúa miền Bắc (năm 1213). Ông cũng lên tiếng kết bản án "Đại Ước Pháp".
• Tại Tại Anh, sau cuộc xung đột kéo dài với vua Jean Sans Terre, Innocent III buộc vua phải thần phục năm 1213. Vua nhường vương quốc của mình cho Giáo hoàng, Giáo hoàng trả lại vương quốc cho vua với điều kiện vua làm lễ "thần phục" và trả Giáo hoàng một khoản tô.

Anh trở thành nước chư hầu của Tòa thánh giống như Aragnon (Pháp) và các vương quốc Serbie, Bulgarie, Đan Mạch...Năm 1215 một cuộc nổi dậy đã ầm cho những điều khoản trên trở nên vô hiệu.

• Các quốc gia như Ba Lan, Nam Tư, Tiệp, Hung, Bồ Đào Nha, và sau này Tây Ban Nha cũng tự đặt dưới quyền bảo trợ của Tòa Thánh.

Dần dần ông nêu lên thứ thần quyền chính trị trong Nước Kitô: về lãnh vực siêu nhiên, toàn thể Giáo hội phải vâng phục Giáo hoàng. Còn trong lãnh vực trần thế, Giáo hoàng có thể nhân danh quyền thiêng liêng, can thiệp vào nội bộ các quốc gia để ngăn cản tội ác (ratione peccati), và mưu cầu ơn cứu rỗi cho các tín hữu.